爱琴海是克里特岛的米诺斯文明和伯罗奔尼撒半岛迈锡尼文明的发祥地。之后又出现了以雅典和斯巴达等城邦为代表的希腊文明，后来又陆续成为波斯帝国、罗马帝国、拜占庭帝国、威尼斯共和国、塞尔柱突厥帝国、奥托曼帝国的领海。爱琴海是民主的发源地，也是地中海东部各种文明进行接触和交流的地方，许多岛屿是火山岛，产有大理石和铁矿。
爱琴海的岛屿可以划分为七个群岛：色雷斯海群岛、东爱琴群岛、北部的斯波拉提群岛、基克拉泽斯群岛、萨罗尼克群岛（又称阿尔戈－萨罗尼克群岛）、多德卡尼斯群岛和克里特岛。坐著名的Blue Star游轮穿行于各个岛屿。