除了以上这些国际驰名的博物馆外，海牙还有许多深具地方特色及展现地方文化的小型博物馆。例如展示古代刑具的监狱门博物馆，或是专门展出古希腊，罗马和埃及物品的Meermanno Westreenianum博物馆。还有木偶博物馆，收藏了从全球各地搜集而来的挂线木偶，木偶以及木偶戏，有些甚至有200年以上的历史，总数多达1000个以上。
另外在威廉五世王子画廊里，典藏了Jan Steen，Paulus Potter，Rembrandt，Wouwerman及Jordeans等大师的作品。还有Bredius博物馆，珍藏了部分林布兰画作，以及古代中国画。而由诗人及政治家Constantijn Huygens官邸改建的Hofwijck博物馆则成为纪念Constantijn Huygens本人及他的儿子Christiaan Huygens，摆锤挂钟的发明人，的纪念博物馆。
在海洋博物馆里Sea Museum，有多达25,000件由全球七大洋收集而来的与海洋相关的物品。在席凡宁根博物馆可找到任何与捕鱼及渔业有关的资料。在通讯博物馆 Museum voor Communicatie里则可清楚看到荷兰从古代到最新卫星通讯的邮政系统的发展。而在海牙历史博物馆 Haags Historisch Museum里，则可看到海牙城市及人民的完整历史纪录。